Porsche ha sido conocida desde siempre por sus extraordinarios valores de deceleración. Esto también es predicable de los modelos Boxster.

El Boxster y el Boxster S cuentan con un sistema de frenos de mordaza fija de aluminio de 4 émbolos en arquitectura monobloque delante y detrás. Las ventajas: elevada resistencia a la deformación, bajo peso. El resultado: una respuesta especialmente rápida y suave de los frenos.

El servofreno reduce la fuerza necesaria en el pedal sin disminuir su elevado nivel de eficacia. Un sistema especial de ventilación, que refrigera en su totalidad la unidad de freno a través unas aberturas en el carenado delantero por medio de unos sistemas especiales de conducción del aire, incrementa sustancialmente la rigidez del conjunto en situaciones de constante exigencia.

Los discos de freno están perforados en ambos modelos. Para diferenciarlos estéticamente, las mordazas de freno del Boxster están anodizadas en negro y las del Boxster S esmaltadas en rojo.